Форма настроек файлов выглядит так:

Имя файла карты сайта с данными о файлах - В этом поле можно указать, или оставить по умолчанию, имя файла, который будет сформирован со списком адресов файлов на сайте.

Добавлять "/" в конце папки - При выбранной данной настройке в конец адреса папки будет добавляться слэш - “/”, например, в этом случае адрес папок будет выглядеть так “вашсайт.ru/bitrix/about/”, а при убранном чекбоксе  “вашсайт.ru/bitrix/about”.

Убирать "index.php" - Из адреса будет убран файл “index.php”.

Выберите "changefreq" и Выберите "priority" - Эти поля устанавливают соответствующие настройки для физических папок и файлов сайта.

Включаемые файлы - В данном поле можно задать маску файлов, которые нужно включить в Sitemap. 

Переключатель Использовать - Позволяет переключить тип отображения иерархии файлов и папок в блоке “Структура сайта”, который расположен ниже.

Структура сайта - В этом блоке отображается структура файлов сайта. Здесь вам необходимо выбрать папки и файлы, которые нужно включить в Sitemap.
Нажав на шестеренку (добавлено в версии 1.0.10), радом с названием файла/папки, можно задать "changefreq" и "priority" для конкретно этого файла/папки.